Segons documents de mitjan del segle XVI, Machu Picchu hauria sigut una de les residències de descans de Pachacútec, nové inca del Tahuantinsuyo entre 1438 i 1470. No obstant això, algunes de les seues millors construccions i l'evident caràcter cerimonial de la principal via d'accés a la llaqta donen compte del seu origen anterior a Pachacútec i a la seua presumible utilització com a santuari religiós. Ambdós usos, el de palau i el de santuari, no haurien sigut incompatibles. A més es discutix el seu suposat caràcter militar.
Machu Picchu és considerada al mateix temps una obra mestra de l'arquitectura i la enginyeria. Les seues peculiars característiques arquitectòniques i paisatgístiques, i el vel de misteri que hi ha teixit al seu voltant bona part de la literatura publicada sobre el lloc, ho han convertit en un dels destinacions turístiques més populars del planeta.
Machu Picchu està en La Llista del Patrimoni de la Humanitat de la Unesco des de 1983, com a part de tot un conjunt cultural i ecològic conegut sota la denominació Santuari històric de Machu Picchu. El 7 de juliol de 2007 Machu Picchu va ser declarada com una de les noves set meravelles del món modern en una cerimònia realitzada a Lisboa (Portugal) , que va comptar amb la participació de cent milions de votants en el món sencer.